Proses pedagangan Efek tanpa warkat dan penyelesaian transaksi secara pemindahbukuan memungkinkan KSEI untuk melakukan proses penyelesaian transaksi yang dilakukan di bursa maupun di luar bursa dengan menggunakan sistem C-BEST.
Transaksi Efek yang sudah terjadi di Bursa bersifat ‘locked-in’, dengan pengertian bahwa transaksi tersebut wajib diselesaikan pada T+2/T+0 (sesuai dengan jenis pasarnya). Setiap akhir hari, data perdagangan yang terjadi di bursa dikirim ke KPEI untuk dilakukan proses netting. Perdagangan di Pasar Reguler serta Pasar Tunai akan melalui mekanisme penjaminan oleh KPEI. Sedangkan perdagangan pada Pasar Negosiasi diselesaikan secara per transaksi dan tidak dijamin oleh KPEI.
Pada tanggal penyelesaian, KSEI akan melakukan proses penyelesaian transaksi perdagangan Pasar Reguler dan Pasar Tunai yang telah mengalami proses netting di KPEI serta transaksi perdagangan Pasar Negosiasi yang diselesaikan secara per transaksi
Sedangkan untuk penyelesaian dana untuk transaksi bursa akan diproses melalui Bank Pembayaran yang telah di tunjuk atau melalui mekanisme penyelesaian dana melalui Bank Indonesia yang disebut Central Bank Money (CeBM).