Untuk dapat menggunakan jasa dari KSEI, diharuskan untuk melakukan pendaftaran sebagai pemakai jasa dan pemegang rekening efek. Pembukaan Rekening Efek di KSEI hanya dapat dilakukan oleh Perusahaan Efek, Bank Kustodian, Emiten/BAE, dan KPEI.

KSEI akan membukakan Rekening Efek yang terdiri dari rekening Efek dan dana bagi Partisipan apabila Partisipan telah memenuhi persyaratan yang ditetapkan oleh KSEI yang selanjutnya disebut Pemegang Rekening.

Berdasarkan Peraturan OJK Nomor 74/POJK.04/2017 tentang Subrekening Efek pada Lembaga Penyimpanan dan Penyelesaian dan Peraturan KSEI No. I-C tentang Sub Rekening Efek. Pembukaan Subrekening Efek, Pemegang Rekening yang mengelola Efek dan/atau dan nasabah wajib membukakan Sub Rekening Efek bagi masing-masing nasabahnya. Tujuan dari pembukaan Sub Rekening Efek ini adalah untuk memisahkan aset Pemegang Rekening dengan nasabahnya sehingga terhindar dari penyalahgunaan aset nasabah. Disamping itu juga untuk perlindungan terhadap investor dan efisiensi dalam hal pendistribusian corporate action.