Aktivitas yang dilakukan KSEI dalam mengelola jasa kustodian antara lain meliputi:
Deposit Efek merupakan aktivitas pendepositan Efek ke dalam C-BEST yang dilakukan baik dengan cara melaksanakan konversi fisik Efek maupun yang dilakukan secara langsung dari perolehan Initial Public Offering (IPO).
Investor yang ingin mengkonversikan sertifikat Efek dapat mengajukan permohonan deposit ke KSEI melalui Pemegang Rekening (Perusahaan Efek dan Bank Kustodian) dengan menyerahkan sertifikat Efek asli yang sudah teregistrasi atas nama investor tersebut. Berdasarkan permohonan deposit yang disampaikan melalui sistem KSEI, Emiten/BAE akan melakukan validasi atas sertifikat Efek tersebut. Setelah sertifikat Efek tersebut divalidasi, Emiten/BAE akan mengubah data kepemilikan Efek dalam Daftar Pemegang Saham dari atas nama investor menjadi atas nama KSEI.
Setelah proses validasi selesai Emiten/BAE akan mengirimkan konfirmasi deposit kepada KSEI dan selanjut KSEI akan mengkreditkannya ke dalam Rekening Efek milik Pemegang Rekening.
Untuk mencatatkan posisi dana pada Rekening Efek, Pemegang Rekening harus membuka rekening di salah satu Bank Pembayar yang ditunjuk oleh KSEI.